Vnútroštátny výskum, ktorý v súčasnosti predstavuje až 85 % celkového európskeho výskumu financovaného z verejných prostriedkov, bude mať väčší vplyv, ak členské štáty zlúčia svoje zdroje a lepšie skoordinujú svoje úsilie. Európska komisia nedávno predložila návrh, aby členské štáty prijali nový prístup „spoločnej tvorby výskumných programov“.  Jeho cieľom je riešenie súčasného roztrieštenia európskeho výskumu, ktorým sa oslabuje jeho efektívnosť.

Podľa európskeho komisára pre vedu a výskum Janeza Potočnika „výzvy, akými sú napríklad bezpečnosť potravín, zdravotná starostlivosť, morské ekosystémy a biodiverzita, zmena klímy a energia, nie sú obmedzené hranicami členských štátov, takže výskum by nemal byť len vnútroštátnou záležitosťou, ale mal by sa uskutočňovať spoločne. Vnútroštátne programy sú zjavne nevyhnutné; v niektorých oblastiach strategického verejného záujmu však môžu viesť k zdvojovaniu úsilia a k nedostatku kritického objemu zdrojov potrebných na dosiahnutie výrazného vplyvu. Keďže je problematické zvýšiť naše investície do výskumu až na úroveň 3 % nášho HDP stanovenú v Lisabonskej stratégii, mali by sme posilniť vplyv našich vnútroštátnych investícií tým, že budeme konať spoločne.“

V oznámení s názvom „Smerom k spoločnej tvorbe výskumných programov: spoločné úsilie zamerané na účinnejšie riešenie spoločných výziev“, ktoré prijala Komisia, sa navrhuje, aby členské štáty najprv stanovili obmedzený počet hlavných výziev, na ktoré zamerajú svoje úsilie, potom sa dohodli na spoločnej predstave a pre každú z oblastí vytvorili a zrealizovali strategický plán výskumu. V oznámení sa zdôrazňuje fakt, že spoločná tvorba výskumných programov bude dobrovoľným procesom a nie je potrebné, aby pre každú konkrétnu iniciatívu zahŕňala všetky členské štáty. Môže sa týkať koordinácie súčasných vnútroštátnych programov alebo vytvárania úplne nových, zlučovania zdrojov, spoločného monitorovania a hodnotenia procesu. Úlohou Komisie je uľahčovať tento proces a jeho realizácia môže, ale nemusí zahŕňať financovanie zo strany Spoločenstva. Ak Rada ministrov EÚ tento návrh schváli, iniciatívy spoločnej tvorby výskumných programov by sa mali začať do roku 2010.

Toto oznámenie predstavuje jednu z piatich politických iniciatív, ktoré Komisia plánuje v nadväznosti na zelenú knihu z roku 2007 s názvom „Európsky výskumný priestor: nové perspektívy“, a je ďalším krokom k vytvoreniu „piatej slobody“ odstraňovaním prekážok slobodného pohybu vedomostí. Európsky strategický plán pre energetické technológie a plánovaná stratégia námorného výskumu poskytujú pre túto iniciatívu prvotné skúsenosti.